Cốt truyện lấy bối cảnh vào những năm 1950 kể về một hạm đội đĩa bay ngoài hành tinh xâm chiếm Trái Đất, gây tổn thất lớn cho nhân loại. Các nhà khoa học của các quốc gia trên thế giới tìm cách tạo ra hàng loạt vũ khí bí mật, khi được kích hoạt, sẽ tạo ra sóng xung kích lỏng lẻo làm chập mạch đĩa bay và khiến chúng nổ tung. Thật không may, mỗi chiếc đĩa bay hoạt động được là nhờ có loại chất lỏng phóng xạ màu xanh lá cây, đã bị rò rỉ từ con tàu công bị phá hủy khi chúng rơi xuống đất. Vì vậy mà loại nhiên liệu này làm lây nhiễm sinh vật, con người và robot, tạo ra một cuộc chiến ác liệt giữa những con quái vật khổng lồ. Người chơi vào vai một trong những con quái vật và chống trả phần còn lại trong các thành phố hư cấu trên toàn cầu và những UFO còn lại.

Phần chơi chính của game bắt đầu ở Midtown Park với một khỉ đột khổng lồ gọi là Congar nhiều lần chống trả lực lượng quân đội nhưng bị đánh bại bởi con quái vật chính.Tại Gambler's Gulch, con quái vật chính cũng đánh bại quái thú bò sát Togera. Sau thất bại của Togera, một người máy quân sự gọi là Robo-47 và quân đội xuất hiện và tấn công con quái vật chính nhưng cũng bị đánh bại. Tại căn cứ quân sự ở Rosedale Canyon, quái vật chính đang phải đối mặt với bầy kiến khổng lồ bị nhiễm xạ giant ants và một robot khổng lồ, Goliath Prime. Prime và bầy kiến đều bị đánh bại. Qua Metro City, quân đội quyết định thử nghiệm loại vũ khí mới của họ, Mecha-Congar, trên con bọ ngựa khổng lồ Preytor lúc đó đang tấn công thành phố này. Trước khi chúng có thể tham chiến thì bổng dưng quái vật chính xuất hiện và tiêu diệt cả hai. Con quái vật chính sau đó đi đến Century Airfield và đánh bại hai con rồng Raptros.

Sau đó, tại nhà máy điện Atomic Island, quái vật chính đánh bại một đám Kineticlops, những con quái vật điện còn sống, nhờ sự cố rò rỉ hạt nhân. Trong đống đổ nát hoang tàn đấy, quái vật chính phải đánh nhau với một chủng loài thực vật lớn có ba đầu tên là Vegon. Hai Robo-47 đang ngăn chặn UFO tấn công thị trấn tuyệt đẹp Baytown rồi cố giết quái vật chính. Cả hai đều bị đẩy lùi và nếm mùi thất bại. Tại hòn đảo Club Caldera thuộc Thái Bình Dương, hai con quái vật đá Magmo và Agamo đánh lẫn nhau với quái vật chính bị kẹt ở giữa. Cả hai đều phải chịu thua.

Sau khi đánh bại hai con robot Ultra V tại "Tsunopolis", quái vật chính bị một UFO bắt cóc mang trở về tàu mẹ. Ngay tại đây quái vật chính phải chống lại ba con quái thú Zorgulon trước khi bị bắt cóc một lần nữa khi tàu mẹ nổ tung, khiến UFO rơi xuống thành phố Capitol ở Bắc Mỹ. Ở đó, thủ lĩnh người ngoài hành tinh Cerebulon đang tấn công một cỗ máy chiến đấu ba chân nhiều tầng. Sau khi đánh bại được Cerebulon rồi, kẻ thắng cuộc là con quái vật chính chứng kiến phần cuối của Cerebulon, một loại côn trùng nhút nhát nhỏ như sinh vật bỏ chạy. Một đoạn phim ngắn chiếu cảnh tượng nói về nguồn gốc của quái vật tùy thuộc vào lựa chọn của người chơi. Ngoại lệ duy nhất là rồng Raptros và sinh vật ngoài hành tinh Zorgulon có kết thúc riêng của chúng với tiếng gầm gừ trong chiến thắng.